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1.细菌性痢疾。
2.血吸虫病 有疫水接触史，肝脾大、血嗜酸性粒细胞增高，大便毛蚴孵化、直肠黏膜活检虫卵及环卵沉淀试验或循环抗原检测等阳性可资鉴别。
3.结肠癌 一般年龄较大，排便习惯改变并有不畅感。粪便变细且含血液，有渐进性腹胀。肛指检查、X线钡剂、结肠镜检查等有助于鉴别。
4.非特异性溃疡性结肠炎 左侧痉挛性疼痛，内镜检查可见结肠黏膜广泛充血、水肿，溃疡多而易出血，多次病原体检查阴性，血清免疫学试验阿米巴抗体阴性，抗阿米巴诊断性治疗无效等可作出诊断。
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