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1.急性菌痢普通型主要应与感染性腹泻相鉴别，包括沙门菌肠炎、空肠弯曲菌肠炎、致病性大肠杆菌肠炎等，大便培养应有相应的致病菌;
2.急性中毒型菌痢应与高热惊厥、乙型脑炎和失水性休克相鉴别;
3.慢性菌痢应与慢性非特异性溃疡性结肠炎、慢性阿米巴痢疾和结肠癌相鉴别;阿米巴痢疾一般全身中毒症状轻，粪便呈暗红色果酱样，镜检可见阿米巴滋养体或包含体，可供鉴别;
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