治疗目的是控制病情活动、维持缓解及防治并发症。
　　一、一般治疗 强调饮食调理和营养补充，一般给高营养低渣饮食，适当给予叶酸、维生素B12等多种维生素及微量元素。研究表明应用要素膳包含（完全胃肠内营养），在给患者补充营养同时，还能控制病变的活动性，特别适用于无局部并发症的小肠克罗恩病。完全胃肠外营养仅用于严重营养不良、肠瘘及短肠综合征者，应用时间不宜太长。腹痛、腹泻必要时可酌情使用抗胆碱能药物或止泻药，合并感染者静脉途径予广谱抗生素。
　　二、药物治疗
　　期口服水杨酸偶氮磺胺吡啶 (SASP)2～6g/d，分4次服用，一般3～4周见效；维持量1～2g/d，一般口服1～2年。或口服5-氨基水杨酸(5-ASA)微颗粒，每次0.5g，每日3次，对结肠病变疗效尤佳。
　　另外，每天口服强的松30～60mg，10～14天以后渐减量，直至每日5mg维持。如用6-甲基强的松龙，开始每天给48mg，逐渐减至每日12mg，维持2年。不能耐受口服者，急性期可用氢化可的松200～400mg或ACTH120单位静滴，14日后改口服强的松维持。对直肠病变可用倍他米松5mg 或氢化可的松琥珀酸盐20～100mg保留灌肠，还可与SASP、锡类散等药物一起合并灌肠。
　　其他药物如：硫唑嘌呤每日1.5mg/kg体重，分次口服；也可口服6-巯基嘌呤，对慢性复发病人，疗程约1年；尚可使用环胞菌素A及免疫增强剂如左旋咪唑、干扰素、转移因子、卡介苗及免疫球蛋白制剂。采用灭滴灵、广谱抗生素及抗结核治疗者也有报道，但疗效评价不一。
　　本病半数病例最终需作外科手术切除病变肠段，5～10年内有部分病例可能仍需再次手术。