引起肠原性腹泻的原因有：
(1)肠道炎症：肠道炎症所引起的腹泻可分为感染性炎症性腹泻和非感染性腹泻两类：
①感染性炎症性腹泻：为最常见的一类腹泻，常见于：
a.病毒感染：按发病率高低顺序分别为：轮状病毒(其中包括A组轮状病毒、成人腹泻轮状病毒)、肠腺病毒、诺沃克病毒、埃可病毒、星状病毒、冠状病毒、嵌杯样病毒、Norwalk因子以及其他病毒感染所引起的腹泻等。
b.细菌感染：细菌感染所致的感染性腹泻十分常见，呈全球性分布，如细菌性痢疾、沙门氏菌感染、霍乱、副溶血弧菌感染、弯曲菌感染、溃疡性肠结核以及金黄色葡萄球菌胃肠炎等。
c.真菌感染：如肠念珠菌病等。
d.寄生虫感染：如阿米巴肠病、梨形鞭毛虫病、血吸虫病、钩虫病、姜片虫病以及绦虫病等。
②非感染性腹泻：如炎症性肠病(包括慢性非特异性溃疡性结肠炎和克隆病)、急性出血性坏死性肠炎、放射性肠炎以及缺血性肠病等均可有腹泻，结肠憩室炎或结肠息肉并发结肠炎也可伴有腹泻。
(2)肿瘤：肠道肿瘤，如小肠恶性淋巴瘤、结肠癌以及直肠癌等，导致肠粘膜的浸润、糜烂和溃疡等病变，均可引起腹泻；Apud瘤、胃泌素瘤、类癌以及胰性霍乱等，则由于产生大量的胃肠肽类物质而引起腹泻。
(3) 吸收障碍：小肠粘膜受损，如小儿乳糜病、热带和非热带斯泼卢病、乳糜管或肠系膜淋巴结病变等引起的肠腔内菌群失调以及小肠部分切除或短路手术等，均可引起营养物质的吸收障碍而引起腹泻。
(4)食物中毒：如葡萄球菌肠毒素所引起的食物中毒、海豚中毒以及肉毒中毒等。
(5)化学品中毒：如砷、汞、磷及酒精等中毒。
(6)药物作用：泻剂如硫酸镁等；拟副交感神经药如新斯的明、乙酰胆碱及毛果芸香碱等；广谱抗生素如林可霉素及氯林可霉素；降压药如胍乙啶及利血平等都能引起腹泻。
(7)肠变态反应性疾病：因对乳品及鱼虾等食物过敏，引起肠的变态反应性疾病，导致腹泻。
(8)其他：如尿毒症及营养不良等。