复旦大学附属金山医院设临床、医技共30个部门。
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另有职业病防治所、金山区眼病防治所。神经外科、泌尿外科、化学伤害救治中心为区重点学科,耳鼻喉头颈外科、心血管内科、儿科、放射科为区重点建设学科,妇产科、神经内科、消化科为区特色专科。化学伤害救治中心(劳动卫生与职业病)被列为上海市公共卫生重点学科建设项目。医院拥有直线加速器、磁共振成像系统(MRI)、64排螺旋CT、数字减影血管造影机(DSA)、震波碎石机、彩色多普勒超声仪、电子胃镜、腹腔镜、医用高压氧舱等百余台先进的大型医疗设备。近年来医院医疗业务工作量逐年上升。
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